В текущих версиях Chromium и Google Chrome Canary можно найти новый эксперимент, который включает синхронизацию favicon'ок. Теоретически это должно решить проблему с закладками, у которых после синхронизации отсутствуют значки.
Эксперимент включается на chrome:flags. Русское название эксперимента можно увидеть на скриншоте выше. В английской локализации ищите "favicon sync".